Kabupaten Toba Samosir dimekarkan dari
Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara setelah menjalani waktu yang
cukup lama dan melewati berbagai proses, pada akhirnya terwujud menjadi
kabupaten baru dengan Undang–Undang Nomor 12 Tahun 1998 tentang
Pembentukan Kabupaten DATI II Toba Samosir dan Kabupaten DATI II
Mandailing Natal di Daerah Tingkat I Sumatera Utara. Kabupaten Toba
Samosir diresmikan pada tanggal 9 Maret 1999 bertempat di Kantor
Gubernur Sumatera Utara oleh Menteri Dalam Negeri Syarwan Hamid atas
nama Presiden Republik Indonesia sekaligus melantik Drs. Sahala
Tampubolon selaku Penjabat Bupati Toba Samosir. Pada saat itu, sebagai
Sekretaris Daerah Kabupaten adalah Drs. Parlindungan Simbolon.
Setelah Kabupaten Toba Samosir diresmikan
diangkat Ketua DPRD Sementara adalah M.P. Situmorang, selanjutnya
dilakukan pemilihan yang hasilnya adalah Ketua Drh. Unggul Siahaan dan
Wakil Ketua M.A. Simanjuntak dan Wakil Ketua Drs. L.P. Sitanggang. Pada
tahun 1999, dilaksanakan pemilihan umum di Indonesia, dengan hasil
menetapkan 35 anggota DPRD Kabupaten Toba Samosir, serta menetapkan
pimpinan DPRD Kabupaten Toba Samosir masa bhakti 1999 – 2004 yaitu :
Ketua Ir. Bona Tua Sinaga dan Wakil Ketua masing–masing adalah Sabam
Simanjuntak, Drs. Vespasianus Panjaitan dan Letkol W. Nainggolan, Pada
tahun 2000 diadakan pemilihan Bupati dan Wakil Bupati Toba Samosir,
dengan hasil pemilihan, menetapkan Drs. Sahala Tampubolon sebagai Bupati
dan Maripul S. Manurung, SH., sebagai wakil Bupati Toba Samosir, masa
bhakti 2000 – 2005, pelantikan dilaksanakan pada tanggal 27 Juni 2000 di
Balige.
Pada awal pembentukannya, kabupaten ini
terdiri atas 13 (tiga belas) kecamatan, 5 (lima) kecamatan pembantu, 281
desa dan 19 kelurahan, dengan batas wilayah adminisrasi adalah sebagai
berikut: Sebelah Utara : Kabupaten Karo dan Kabupaten Simalungun Sebelah
Timur : Kabupaten Asahan dan Kabupaten Labuhan Batu Sebelah Selatan :
Kabupaten Tapanuli Utara Sebelah Barat : Kabupaten Dairi Seiring dengan
perjalanan pemerintahan di kabupaten ini jumlah kecamatan mengalami
perubahan secara bertahap. Pada awal tahun 2002 dibentuk 5 kecamatan
baru yakni pendefinitifan 4 (empat) kecamatan pembantu menjadi 4 (empat)
kecamatan defenitif dan pembentukan 1 (satu) kecamatan baru.
Kelima kecamatan tersebut adalah
Kecamatan Ajibata, Kecamatan Pintu Pohan Meranti, Kecamatan Uluan
Kecamatan Ronggur Ni Huta dan Pembentukan Kecamatan Borbor yang
dimekarkan dari Kecamatan Habinsaran. Kondisi pemekaran kecamatan
berlanjut hingga pada akhir tahun 2002, dimana adanya aspirasi
masyarakat yang cukup kuat dalam menyuarakan pemekaran Kecamatan Harian
menjadi 2 (dua) kecamatan yakni Kecamatan Harian dan Kecamatan Sitiotio
sebagai kecamatan pemekaran baru. Kuatnya aspirasi pembentukan kecamatan
ini disikapi dengan baik oleh Pemerintah Kabupaten Toba Samosir karena
didukung fakta – fakta permasalahan di masyarakat baik kondisi geografis
wilayah dan lain sebagainya, hingga akhirnya Pemerintah Kabupaten Toba
Samosir menetapkan Keputusan Bupati Toba Samosir tentang Pembentukan
Kecamatan Sitiotio mendahului Peraturan Daerah, setelah mendapatkan izin
prinsip dari DPRD Kabupaten Toba Samosir pada tahun 2002. Keputusan
Bupati ini dikuatkan dengan penetapan Peraturan Daerah Nomor 13 Tahun
2003 tentang Pembentukan Kecamatan Sitiotio di Kabupaten Toba Samosir.
Perkembangan dan pembentukan wilayah tidak sampai disini saja, perubahan
– perubahan lain semakin banyak terjadi seperti issu pemekaran kembali
Kabupaten Toba Samosir menjadi 2 (dua) kabupaten.
Issu ini berkembang seiring dengan
situasi dan kondisi sosial, ekonomi dan politik yang berkembang pada
saat itu. Perkembangan kondisi sosial, ekonomi, dan politik dimasyarakat
menginginkan Kabupaten Toba Samosir dimekarkan kembali menjadi
Kabupaten Toba Samosir dan Kabupaten Samosir. Pada tahun 2008 juga
terjadi pemekaran kecamatan karena tingginya aspirasi masyarakat dalam
pemerataan pembangunan. Adapun kecamatan yang dimekarkan adalah
Kecamatan Parmaksian pemekaran dari Kecamatan Porsea dan Kecamatan
Bonatua Lunasi pemekaran dari Kecamatan Lumbanjulu yang ditetapkan
dengan Peraturan Daerah Nomor : 05 Tahun 2008 tentang Pembentukan
Kecamatan Parmaksian dan Kecamatan Bonatua Lunasi Kabupaten Toba
Samosir. Pada tahun 2008 juga telah dilakukan pemekaran desa sebanyak
24 (dua puluh empat) desa.
Dengan demikian Kabupaten Toba Samosir terdiri dari 16 Kecamatan.
Hasil Pilkada Serentak 9 Desember 2015,
Mendagri melalui Plt. Gubernur Sumatera Utara secara resmi melantik dan
mengambil Sumpah Bupati dan Wakil Bupati Kab. Toba Samosir Periode 2016 –
2021 yakni Ir. Darwin Siagian dan Ir. Hulman Sitorus, MM.